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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage
(WHO label)
  
Target Gene
  
Primer Name
  
Primer Sequence
  
Primer Length
  
Primer GC Content (%)
  
Start Position
  
End Position
  
Primer Direction
  
ΔG (cal)
  
Primer first used
  
GA.7ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
FL.23ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.2.3.13ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CA.5ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CP.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.3.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
ED.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-301.668South Korea
CM.4ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-301.668South Korea
BQ.1.4ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-301.668South Korea
CA.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BN.1.9ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-301.668South Korea
BQ.1.28ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
DG.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XCVORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.31.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.50ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.78ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.43ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HR.1.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HK.7ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HS.1.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HH.5ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HU.1.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HV.1.5ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.5.2.54ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-301.668South Korea
DR.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BF.7.27ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.26ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CM.8ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.5.1.27ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BF.16ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.5.5.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.5.2.59ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BF.15ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BQ.1.15ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.160ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JV.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XCYORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HK.16ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JN.1.1.4ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
EK.4ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HV.1.10ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HV.1.6.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
EF.1.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BU.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.5.1.38ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
KK.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
FY.1.4.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JN.5ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JG.3.4ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
Lineage
(WHO label)
  
Target Gene
  
Primer Name
  
Primer Sequence
  
Primer Length
  
Primer GC Content (%)
  
Start Position
  
End Position
  
Primer Direction
  
ΔG (cal)
  
Primer first used