Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
Menu
Home
WHO Primers
New Primers
Simple Primers
LAMP Primers
Browse
NCBI
GISAID
Search
NCBI
GISAID
Genome Scan
Mutants
Substitution
Deletion
Tutorial
Contact
Browse
Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.566
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.1.480
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.579
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
BA.2.3.21
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
A.6
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.530
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
BA.1.17.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
BA.2.75.8
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
CH.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.570
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.633
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
DD.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.1.136
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
XAY
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
DJ.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
XAE
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.467
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.1.484
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.476
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
A.19
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
A.18
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.1.404
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
CV.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
DJ.1.3
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
N/A
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
XBB.1.38.1
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-15680
China
N/A
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BQ.1.1.73
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
DW.1
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BR.5.1
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.2.75.3
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
XAK
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
XAA
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BQ.1.30
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BQ.1.1.50
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.5.1.36
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
XBB.1.23
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
A.23
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
B.1.596.1
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
B.1.473
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
B.1.595.2
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.2.76.1
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.2.38.4
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BA.2.38.3
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BM.4
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
B.1.1.357
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
BP.1
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
B.1.177.46
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
B.1.258.23
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
B.1.370
E
Niu-E
CACGTTAACAATATTGCAGC
20
40
26391
26372
R
-20723.8
China
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
Page 3736 of 5293
Go to page:
Prev
1
442
883
1324
1765
2206
2647
3088
3529
3970
4411
4852
5293
Next