Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BY.1.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
DK.1
ORF1ab
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18
44.44
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-18837.8
France
BQ.1.11.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
BA.5.2.63
ORF1ab
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18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
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FM.1
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18
44.44
12797
12780
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-18837.8
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GA.4.2
ORF1ab
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18
44.44
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12780
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GW.3
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-18837.8
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ORF1ab
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M.2
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U.3
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ORF1ab
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18
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ORF1ab
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ORF1ab
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W.2
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B.1.227
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ORF1ab
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HN.4.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
44.44
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-15630.5
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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