Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
C.31
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.221
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.362
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.265
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.585
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.351
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.36.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.36.8
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
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B.1.1.40
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
AY.95 (Delta)
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-17266.7
Germany
B.1.1.189
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
BA.1.13
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
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C.13
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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C.4
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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B.1.545
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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B.1.1.482
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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HK.3.5
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-17266.7
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GY.1.1.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-17266.7
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B.1.1.240
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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F
-20262.1
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B.1.240.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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-20262.1
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AY.121.1 (Delta)
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Charité-ORF1b
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22
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F
-17266.7
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B.1.1.46
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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-20262.1
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B.1.177.44
ORF1ab
Charité-ORF1b
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-20262.1
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B.1.177.3
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Charité-ORF1b
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-20262.1
Germany
B.1.389
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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-20262.1
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B.1.549
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.160.7
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
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AY.43.2 (Delta)
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-17266.7
Germany
B.1.1.304
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
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B.1.214.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
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F
-20262.1
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B.1.577
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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B.1.639
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
A.2.5.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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15452
F
-20262.1
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AZ.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.270
ORF1ab
Charité-ORF1b
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15452
F
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B.1.1.227
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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U.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
B.1.36.28
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
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F
-20262.1
Germany
B.1.177.15
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
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ORF1ab
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F
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B.1.1.236
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
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B.1.1.153
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
15431
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F
-20262.1
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B.1.1.302
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.194
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.177.55
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.51
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.308
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
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F
-20262.1
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B.1.1.138
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.379
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.255
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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