Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.1.234
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.75
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.51
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.106
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
D.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.593
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.438.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.290
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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15452
F
-20262.1
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B.1.341
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
B.1.161
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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AY.69 (Delta)
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Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-17266.7
Germany
B.1.1.407
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.20
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.423
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.281
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
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AE.6
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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B.1.1.230
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
B.1.535
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
A.7
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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F
-20262.1
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A.24
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.345
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Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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B.1.1.53
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.1.450
ORF1ab
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22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.334
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
15431
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F
-20262.1
Germany
B.1.589
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.335
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.169
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.43
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.42
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
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AE.4
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.442
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.447
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.110.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
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F
-20262.1
Germany
B.1.180
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.155
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
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F
-20262.1
Germany
B.1.1.92
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-5786.4
Germany
B.1.1.145
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.120
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.77
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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AE.5
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.504
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
AE.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.201
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.221
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.410
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.411
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.109
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.361
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.177.38
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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