Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
Menu
Home
WHO Primers
New Primers
Simple Primers
LAMP Primers
Browse
NCBI
GISAID
Search
NCBI
GISAID
Genome Scan
Mutants
Substitution
Deletion
Tutorial
Contact
Browse
Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
AY.99.2 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
JN.1.52
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.396
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.595.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.2
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.311
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.369
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.367
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.595
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.240
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.192
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
JN.1.39.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
ME.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
LE.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-2892.01
China
XBB.1.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-17292.3
China
LF.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
MD.1.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
LP.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
JN.1.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
DL.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BA.5.1.15
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.529 (Omicron)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BF.41.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
LE.1.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
XDQ
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.502
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.285
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.582
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.580
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.306
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.280
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.329
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
JN.1.42
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
KB.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-17292.3
China
JN.1.14
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
MJ.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
JN.1.1.6
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
JN.1.39.2
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
JN.1.58.2
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
JN.1.18.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
LF.4.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
XDK.1.2
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.441
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.509
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.293
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.1.225
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
B.1.637
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
AY.39 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
AY.26 (Delta)
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
Page 1427 of 5293
Go to page:
Prev
1
442
883
1324
1765
2206
2647
3088
3529
3970
4411
4852
5293
Next