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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage
(WHO label)
  
Target Gene
  
Primer Name
  
Primer Sequence
  
Primer Length
  
Primer GC Content (%)
  
Start Position
  
End Position
  
Primer Direction
  
ΔG (cal)
  
Primer first used
  
CK.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CM.5ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBC.1.3.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JN.11.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XDLORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JN.17ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
AY.29.1 (Delta)ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
AY.29.2 (Delta)ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BC.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.10.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.3.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.55ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.149ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.300ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.179ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
C.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
C.25ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.125ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
G.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.438ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.35ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.347ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.195ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.321ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.379ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.78ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.16ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.231ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.49ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.67ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.190ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.120ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.133ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.18ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.466ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.489ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.363ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.95ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.36.26ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.531ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.45ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.200ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.299ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CY.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
FR.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBJ.4ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CP.7ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
GJ.1.2.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CK.1.1.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.56.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
Lineage
(WHO label)
  
Target Gene
  
Primer Name
  
Primer Sequence
  
Primer Length
  
Primer GC Content (%)
  
Start Position
  
End Position
  
Primer Direction
  
ΔG (cal)
  
Primer first used