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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage
(WHO label)
  
Target Gene
  
Primer Name
  
Primer Sequence
  
Primer Length
  
Primer GC Content (%)
  
Start Position
  
End Position
  
Primer Direction
  
ΔG (cal)
  
Primer first used
  
B.1.344ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.103ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.485ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.119ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.276ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.111ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.258.20ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.36.37ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.319ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.182ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.430ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.331ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.19ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
AY.112.3 (Delta)ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.37ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
N.7ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.188ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.39ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.50ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.494ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.167ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.267ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.165ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.554ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.243.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
A.2.5.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.118ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.501ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.226ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.546ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.194ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.429.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
P.1.9 (Gamma)ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
AY.25.1.1 (Delta)ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.203ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.157ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.176ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.515ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-301.668South Korea
B.1.287ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-301.668South Korea
B.1.1.431ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
C.12ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.170ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.23ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.506ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.6.8ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.438.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.27ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.30ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.36.27ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.36.19ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
Lineage
(WHO label)
  
Target Gene
  
Primer Name
  
Primer Sequence
  
Primer Length
  
Primer GC Content (%)
  
Start Position
  
End Position
  
Primer Direction
  
ΔG (cal)
  
Primer first used