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| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| XCM | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HN.5 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| XBB.1.42.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HN.6 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -1988.81 | Singapore |
| DV.7.1.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| KC.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HK.3.10 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| FY.5.5.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| JN.1.1.10 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HK.3.4 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| XDD | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| JN.1.53 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| JN.1.60 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| JN.1.6.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.1.28 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| P.7 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| P.2 (Zeta) | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.1.33 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| N.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.499 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| N.9 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.212 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| JN.1.61 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| XBB.1.16.6 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| JN.4 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| JN.1.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HK.11.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| GK.1.2.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HK.3.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| GL.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| CM.8.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| JN.1.1.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HK.26 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HK.3.14 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| XBC.1.6.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| GW.5.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| EG.5.1.7 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| GA.4.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -1988.81 | Singapore |
| HK.3.2.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HK.13.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| FL.20.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HK.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HK.8.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| XBB.1.19.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| GE.1.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| EG.6.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| FT.3.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| JD.1.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| GJ.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| HT.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |