Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
EZ.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
EW.3
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
BQ.1.1.18
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
BQ.1.1.4
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
BE.13
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
BW.1.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
BF.11
ORF1ab
Young-ORF1ab
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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Singapore
DN.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
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Young-ORF1ab
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
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Singapore
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ORF1ab
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Singapore
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Young-ORF1ab
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
FD.4
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
CM.7
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
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-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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-20695.4
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ORF1ab
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24
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-20695.4
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Young-ORF1ab
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
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24
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
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DT.3
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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Singapore
DS.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
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F
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Singapore
BQ.1.1.63
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
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Singapore
DU.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
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BF.7.4.1
ORF1ab
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24
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Young-ORF1ab
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24
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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Young-ORF1ab
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BE.9
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
29.17
14155
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Singapore
BQ.1.1.7
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
XBB.2.6
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
FL.2.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
GD.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
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Primer Direction
ΔG (cal)
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