Browse

Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
BF.15	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BQ.1.15	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BA.5.2.56	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
KP.2.13	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
XDP.2	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
HN.8	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
KL.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
HK.24.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-5211.74	China
GK.2.4	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
FL.1.5.2	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
HE.2	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
JM.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
HV.2	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
BA.5.11	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BQ.1.1.27	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BF.7.22	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
GP.2	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
XBB.3.4	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
XBV	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BQ.1.1.62	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
GA.7	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17603.1	China
FL.23	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
XBB.2.3.13	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
CA.5	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
CP.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
XBB.3.3	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
ED.3	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
CM.4	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BQ.1.4	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
CA.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BN.1.9	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BQ.1.28	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
DG.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
XCV	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
BA.2.31.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BA.2.50	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BA.2.78	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BA.2.43	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
HR.1.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
HK.7	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
HS.1.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
HH.5	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
HU.1.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
HV.1.5	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
XBB.1.5.52	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
CH.1.1.27	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13628.2	China
XBB.1.5.65	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
XBB.1.5.75	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
XBB.1.5.21	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
XBB.1.18.1	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used