Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.1.328
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
A.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.533
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.525
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.480
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.214
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.177.15
ORF1ab
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22
54.55
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-20262.1
Germany
B.1.177.24
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Germany
B.1.1.236
ORF1ab
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ORF1ab
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-20262.1
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B.1.1.302
ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.1.194
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22
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F
-20262.1
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B.1.177.55
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22
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-20262.1
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-20262.1
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B.1.240.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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-20262.1
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Charité-ORF1b
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-20262.1
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-20262.1
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ORF1ab
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B.1.160.7
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
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AY.43.2 (Delta)
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Charité-ORF1b
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22
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F
-17266.7
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B.1.1.304
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
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B.1.214.2
ORF1ab
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F
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-20262.1
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B.1.639
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F
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A.2.5.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
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AZ.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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F
-20262.1
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B.1.1.270
ORF1ab
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22
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F
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B.1.1.227
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
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U.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
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B.1.36.28
ORF1ab
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F
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B.1.1.5
ORF1ab
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22
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ORF1ab
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22
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F
-20262.1
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AY.50 (Delta)
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Charité-ORF1b
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F
-17266.7
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ORF1ab
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-20262.1
Germany
B.1.1.253
ORF1ab
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22
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15431
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F
-20262.1
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B.1.1.305
ORF1ab
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22
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15431
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F
-20262.1
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AA.6
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
15431
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-20262.1
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B.1.1.241
ORF1ab
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22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.177.33
ORF1ab
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22
54.55
15431
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F
-20262.1
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B.1.1.326
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.255
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
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B.1.1.303
ORF1ab
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
AA.7
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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