Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BE.1.1.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
XAZ
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BE.4
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.5.1.24
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.5.1.16
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.5.2.26
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.5.2.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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BF.22
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.5.2.21
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.5.2.22
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BF.10
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
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F
-20262.1
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BF.38
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
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BF.38.1
ORF1ab
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22
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15452
F
-20262.1
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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BA.2.3.2
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F
-20262.1
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22
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F
-20262.1
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BA.2.65
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22
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F
-20262.1
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BA.5.1.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
BG.5
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
Germany
BA.2.61
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-5786.4
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BA.5.1.23
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-5786.4
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BF.8
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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F
-20262.1
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BA.2.74
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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BA.2.12
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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F
-20262.1
Germany
BF.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BT.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-17266.7
Germany
BA.5.2.55
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.2.76
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.5.1.30
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BE.11
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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BA.5.2.9
ORF1ab
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22
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15452
F
-20262.1
Germany
BF.31
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.4.6
ORF1ab
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22
54.55
15431
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F
-20262.1
Germany
BF.24
ORF1ab
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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F
-20262.1
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BF.4
ORF1ab
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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BA.5.6.2
ORF1ab
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15452
F
-20262.1
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BA.5.1.10
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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ORF1ab
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F
-20262.1
Germany
BS.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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F
-5786.4
Germany
BA.5.1.2
ORF1ab
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22
54.55
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F
-5786.4
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BF.36
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BM.1.1.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-5491.88
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BF.12
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BF.5.4
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BQ.1.18
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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BF.5.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BN.1.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-17266.7
Germany
BN.1.3.7
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-17266.7
Germany
BF.25
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
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F
-20262.1
Germany
BA.5.9
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
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54.55
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15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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