Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.1.123
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.143
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.177.29
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
XBB.1.48
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-17266.7
Germany
AY.46.6.1 (Delta)
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-17266.7
Germany
AY.112.1 (Delta)
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-17266.7
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B.1.1.360
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.177.49
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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-20262.1
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B.1.1.347
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22
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-20262.1
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B.1.195
ORF1ab
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F
-20262.1
Germany
B.1.321
ORF1ab
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-20262.1
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B.1.1.379
ORF1ab
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22
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-20262.1
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ORF1ab
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-20262.1
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ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.1.49
ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.120
ORF1ab
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B.1.1.133
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-20262.1
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B.1.1.363
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F
-20262.1
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ORF1ab
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-20262.1
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ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-20262.1
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ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-5786.4
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B.1.1.45
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
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F
-20262.1
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22
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F
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F
-20262.1
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ORF1ab
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22
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F
-20262.1
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B.1.1.149
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F
-5786.4
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ORF1ab
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.179
ORF1ab
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F
-20262.1
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C.3
ORF1ab
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C.25
ORF1ab
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F
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B.1.1.125
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G.1
ORF1ab
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B.1.1.438
ORF1ab
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B.1.35
ORF1ab
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F
-20262.1
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AM.3
ORF1ab
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F
-20262.1
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AA.2
ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.1.249
ORF1ab
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15431
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F
-20262.1
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AA.3
ORF1ab
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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F
-20262.1
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B.1.505
ORF1ab
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22
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B.1.1.74
ORF1ab
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-20262.1
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B.1.406
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
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B.1.115
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.29
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
AA.8
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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