Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BA.5.2.63
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
FM.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
GA.4.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-17266.7
Germany
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ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-17266.7
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EG.10
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-3521.26
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GN.1.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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-17266.7
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GW.3
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Charité-ORF1b
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B.1.1.424
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22
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-20262.1
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C.20
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B.1.1.224
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B.1.177.14
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B.1.618
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F
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BA.4.6.2
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ORF1ab
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22
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15452
F
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BF.31.1
ORF1ab
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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F
-17266.7
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BY.1.1.1
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22
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15452
F
-17266.7
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DK.1
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22
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F
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B.1.1.458
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22
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F
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B.1.1.17
ORF1ab
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22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
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-20262.1
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AG.1
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22
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15431
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F
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W.2
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B.1.177.89
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M.2
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B.1.1.429
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U.3
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-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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