Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BF.38.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BF.7.19.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BQ.1.1.43
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.5.2.12
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BF.7.23
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.214
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
L.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.310
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.185
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
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B.1.258.9
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
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F
-20262.1
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B.1.329
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
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F
-20262.1
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B.1.1.229
ORF1ab
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22
54.55
15431
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F
-20262.1
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B.1.342
ORF1ab
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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-20262.1
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F
-20262.1
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B.1.169
ORF1ab
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22
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15452
F
-20262.1
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B.53
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
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F
-20262.1
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B.4.1
ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.528
ORF1ab
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F
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B.1.1.175
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-20262.1
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B.6.3
ORF1ab
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22
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F
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ORF1ab
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22
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F
-20262.1
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B.1.1.181
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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B.1.113
ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.594
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.328
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
Germany
B.13
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.145
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.284
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.351.3 (Beta)
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.318
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
R.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
AY.29 (Delta)
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-17266.7
Germany
ML.1
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.5
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.283
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
BE.12
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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15452
F
-20262.1
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B.1.96
ORF1ab
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F
-20262.1
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B.1.547
ORF1ab
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22
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F
-20262.1
Germany
B.1.247
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
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15452
F
-20262.1
Germany
B.4.6
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.205
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.110
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.434
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.4.5
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.1.181
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
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B.6.6
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.37
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.513
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.338
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
B.1.284
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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