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| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EK.4 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| HV.1.10 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HV.1.10 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| HV.1.6.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HV.1.6.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| HK.7 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HK.7 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| HS.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HS.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| HH.5 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HH.5 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| HU.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HU.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| HV.1.5 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HV.1.5 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| BA.5.11 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| BA.5.11 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| CH.1.1.27 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| CH.1.1.27 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13628.2 | China |
| XBB.1.5.65 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB.1.5.65 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBB.1.5.75 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB.1.5.75 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBB.1.5.21 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB.1.5.21 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBB.1.18.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB.1.18.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| BQ.1.24 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| BQ.1.24 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| HP.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HP.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| FU.4 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| FU.4 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| EG.1.4 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| EG.1.4 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBB.2.3.4 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB.2.3.4 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| EY.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| EY.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| XBB.1.35 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB.1.35 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBB.1.37.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB.1.37.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBB.1.5.77 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB.1.5.77 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| FD.4.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| FD.4.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBB.1.5.51 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB.1.5.51 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBB.1.16.8 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |