Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
Menu
Home
WHO Primers
New Primers
Simple Primers
LAMP Primers
Browse
NCBI
GISAID
Search
NCBI
GISAID
Genome Scan
Mutants
Substitution
Deletion
Tutorial
Contact
Browse
Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BA.4.6.4
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BQ.1.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BQ.1.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BQ.1.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BQ.1.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BA.2.75.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BA.2.75.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BF.7.8
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BF.7.8
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BQ.1.1.40
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BQ.1.1.40
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BA.5.1.6
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BA.5.1.6
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BA.5.2.8
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BA.5.2.8
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BA.2.9.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BA.2.9.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BA.5.1.17
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BA.5.1.17
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BN.1.4.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BN.1.4.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BK.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BK.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
XBB.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
XBB.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-17292.3
China
BQ.1.1.76
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BQ.1.1.76
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BN.4
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BN.4
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
CK.1.4
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
CK.1.4
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-2892.01
China
BQ.1.1.11
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BQ.1.1.11
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
FK.1.1.2
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
FK.1.1.2
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
FT.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
FT.3
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-17292.3
China
XBF.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
XBF.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
GJ.1.2.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
GJ.1.2.5
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BA.5.1.25
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BA.5.1.25
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
XAG
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
XAG
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
DM.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-4484.57
China
DM.1
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-2892.01
China
BQ.1.1.60
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
BQ.1.1.60
ORF1ab
Chan-ORF1ab
GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC
24
41.67
16353
16330
R
-13317.5
China
BQ.1.1.49
ORF1ab
Chan-ORF1ab
CGCATACAGTCTTRCAGGCT
20
50
16220
16239
F
-11502.5
China
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
Page 5070 of 5293
Go to page:
Prev
1
442
883
1324
1765
2206
2647
3088
3529
3970
4411
4852
5293
Next