Browse

Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
B.1.1.341	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.89	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.1.89	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.36.23	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.36.23	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.177.30	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.177.30	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.315	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
B.1.1.315	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.204	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.1.204	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.177.50	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.177.50	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.170	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-2648.21	Japan
B.1.1.170	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.232	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.1.232	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.173	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.173	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.362.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.362.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.177.48	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.177.48	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.36.9	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.36.9	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.520	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.520	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.36.38	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.36.38	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.389	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.389	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.549	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.549	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.160.7	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.160.7	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
AY.43.2 (Delta)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
AY.43.2 (Delta)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.1.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.258.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.258.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.177.33	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.177.33	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.326	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.1.326	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.255	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.1.255	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.303	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.1.303	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
AA.7	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used