Browse

Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
B.1.1.262	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.1.262	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
EG.9	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
EG.9	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
XBU	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
XBU	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.351.5 (Beta)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.351.5 (Beta)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
FZ.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
FZ.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
XBB.1.9.7	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
XBB.1.9.7	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
XBC.1.6.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
XBC.1.6.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
FL.4.4	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
FL.4.4	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
FQ.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
FQ.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JB.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-2648.21	Japan
JB.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
XBB.1.17	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
XBB.1.17	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
FL.3.4	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
FL.3.4	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
FZ.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
FZ.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
DV.7.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
DV.7.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
FL.6	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
FL.6	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
FL.30.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
FL.30.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
XBB.1.5.68	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
XBB.1.5.68	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
CD.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
CD.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.439	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.439	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.408	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.1.408	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.1.256	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.1.256	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
Q.7 (Alpha)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
Q.7 (Alpha)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B.1.460	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
B.1.460	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
BA.1.1.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
BA.1.1.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
AY.43.6 (Delta)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
AY.43.6 (Delta)	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used