Browse

Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
KE.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
KE.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
HF.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
HF.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
HK.22	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20139.6	Japan
HK.22	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
FW.1.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-15795	Japan
FW.1.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.13	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.13	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
KH.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
KH.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
HV.1.4	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
HV.1.4	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.35	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.35	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.9.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.9.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.47.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.47.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.1.7	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.1.7	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
B	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-2648.21	Japan
B	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.12	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
JN.1.12	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.51	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.51	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.1.9	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
JN.1.1.9	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.19	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.19	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
KU.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
KU.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
KZ.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
KZ.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.36	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-2648.21	Japan
JN.1.36	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JQ.2.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JQ.2.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
KT.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-2648.21	Japan
KT.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
LA.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
LA.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
LH.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
LH.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.10	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
JN.1.10	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
GW.5.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
GW.5.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used