Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
AA.8
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.1.123
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.123
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.143
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.143
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
B.1.177.29
ORF1ab
Young-ORF1ab
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R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
XBB.1.48
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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14220
R
-22408
Singapore
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Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
AY.46.6.1 (Delta)
ORF1ab
Young-ORF1ab
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14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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F
-20695.4
Singapore
AY.112.1 (Delta)
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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14243
14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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F
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Singapore
B.1.1.190
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Singapore
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Singapore
B.1.120
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Young-ORF1ab
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AM.3
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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Young-ORF1ab
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AA.2
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Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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14220
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-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
-20695.4
Singapore
B.1.1.249
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Singapore
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-22408
Singapore
XA
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
XA
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
AZ.4
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
B.1.1.114
ORF1ab
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-22408
Singapore
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ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
B.1.177.39
ORF1ab
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CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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33.33
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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14155
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-20695.4
Singapore
B.1.199
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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ORF1ab
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B.1.1.112
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-22408
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24
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Singapore
B.1.1.133
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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R
-22408
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B.18
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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B.18
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Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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33.33
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
B.1.1.466
ORF1ab
Young-ORF1ab
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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Singapore
B.1.489
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
B.1.1.363
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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R
-22408
Singapore
B.1.1.379
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.379
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.78
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
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Primer Direction
ΔG (cal)
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