Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
FL.1.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
33.33
14243
14220
R
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F
-20695.4
Singapore
XBB.1.5.95
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
ET.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
ET.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
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-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
29.17
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14178
F
-20695.4
Singapore
XBB.1.34
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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14243
14220
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-22408
Singapore
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Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
GB.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
FY.2.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
FY.2.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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-22408
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24
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F
-20695.4
Singapore
XBB.1.13
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
FL.11
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Young-ORF1ab
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-22408
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FL.4.1.1
ORF1ab
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-22408
Singapore
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Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
FD.2.1
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Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
XBB.1.5.84
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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-22408
Singapore
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Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
EU.1.1.1
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-22408
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Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
CH.1.1.14
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
FE.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14178
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-20695.4
Singapore
FE.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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24
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F
-20695.4
Singapore
XBB.1.5.17
ORF1ab
Young-ORF1ab
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Young-ORF1ab
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24
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14178
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-20695.4
Singapore
BQ.1.1.59
ORF1ab
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CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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-22408
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24
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-20695.4
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XBB.1.5.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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Singapore
GA.2
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Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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24
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14178
F
-20695.4
Singapore
XBB.1.5.6
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
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14220
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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14155
14178
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Singapore
XBB.1.5.67
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14178
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-20695.4
Singapore
FL.2.6
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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Singapore
XBB.1.11.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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-22408
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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14155
14178
F
-20695.4
Singapore
GJ.1.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
HJ.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
HJ.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
XBB.1.5.101
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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