Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
LP.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
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Young-ORF1ab
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24
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14178
F
-20695.4
Singapore
KP.3.1.3
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
KP.3.1.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
KP.3.1.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
LF.1.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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Young-ORF1ab
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24
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14178
F
-20695.4
Singapore
JN.1.16
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
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14220
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-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14178
F
-20695.4
Singapore
KP.2.3.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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14220
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-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
HZ.3
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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XBB.1.5.69
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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Young-ORF1ab
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F
-20695.4
Singapore
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Young-ORF1ab
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-22408
Singapore
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Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
FL.8
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
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14220
R
-22408
Singapore
XBB.1.5.71
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
XBB.1.5.71
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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14243
14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14178
F
-20695.4
Singapore
CH.1.1.18
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14178
F
-20695.4
Singapore
XBB.1.5.9
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
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14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
FL.5.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
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14220
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-22408
Singapore
HD.1.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
HD.1.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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R
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Singapore
HQ.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
HQ.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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R
-22408
Singapore
FD.1.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14155
14178
F
-20695.4
Singapore
FD.1.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14178
F
-20695.4
Singapore
XAY.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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14243
14220
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
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Singapore
XBB.1.16.5
ORF1ab
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Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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14178
F
-20695.4
Singapore
XBB.1.5.60
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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14220
R
-22408
Singapore
FH.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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FH.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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-22408
Singapore
CJ.1.3
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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-20695.4
Singapore
CJ.1.3
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
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-22408
Singapore
FL.7
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
FL.7
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
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Singapore
FL.32
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
FL.32
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
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-22408
Singapore
FL.26.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
FL.26.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
EG.6
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
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Primer Direction
ΔG (cal)
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