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| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| B.1.1.3 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| BA.1.12 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| BA.1.12 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| BA.1.7 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| BA.1.7 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| AD.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| AD.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.201 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.201 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| W.4 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| W.4 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.214 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.214 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.1.304 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.1.304 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.214.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.214.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.577 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.577 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.639 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.639 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| A.2.5.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| A.2.5.1 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.177.55 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.177.55 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.1.51 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.1.51 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.1.308 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.1.308 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.1.138 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.1.138 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.379 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.379 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.1.240 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.1.240 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.1.306 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.1.306 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.1.328 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.1.328 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| A.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| A.2 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.533 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.533 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.1.525 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.1.525 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.480 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.480 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.177.24 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| B.1.177.24 | ORF1ab | Young-ORF1ab | CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG | 24 | 33.33 | 14243 | 14220 | R | -22408 | Singapore |
| B.1.1.236 | ORF1ab | Young-ORF1ab | TCATTGTTAATGCCTATATTAACC | 24 | 29.17 | 14155 | 14178 | F | -20695.4 | Singapore |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |