Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
DT.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
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33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
DT.1
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Young-ORF1ab
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29.17
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14178
F
-20695.4
Singapore
DT.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
XBE
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
XBE
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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F
-20695.4
Singapore
BE.1.4.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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-22408
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24
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F
-20695.4
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BA.2.3.12
ORF1ab
Young-ORF1ab
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Singapore
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24
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F
-20695.4
Singapore
BA.2.3.14
ORF1ab
Young-ORF1ab
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Singapore
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24
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F
-20695.4
Singapore
CP.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
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-22408
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Singapore
B.1.36.10
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-22408
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B.1.599
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-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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Singapore
B.1.451
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Young-ORF1ab
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Singapore
B.1.1.8
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
B.1.1.8
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
B.1.313
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
CA.3.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
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-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
BA.5.2.61
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
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Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
XBB.2.5
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
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ED.2
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14220
R
-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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BU.2
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Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
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Young-ORF1ab
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Singapore
XBB.1.6
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Young-ORF1ab
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24
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Young-ORF1ab
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24
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-20695.4
Singapore
B.1.1.189
ORF1ab
Young-ORF1ab
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33.33
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24
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Singapore
BA.1.13
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CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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Singapore
C.13
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14178
F
-20695.4
Singapore
C.13
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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33.33
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14220
R
-22408
Singapore
C.4
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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29.17
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14178
F
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Singapore
C.4
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
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Singapore
B.1.545
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
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R
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Singapore
B.1.1.482
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.482
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
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Singapore
B.1.1.186
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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