Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
CS.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
BA.2.83
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
BA.2.83
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
BJ.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
BJ.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
XDG
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
XDG
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
GA.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
GA.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
KD.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
KD.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
BA.2.53
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
BA.2.53
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
14186
14167
R
-18348.8
France
BA.4.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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14098
F
-18581.4
France
BA.4.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
EU.1.1.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
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19
42.11
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F
-18581.4
France
EU.1.1.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
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R
-18348.8
France
CM.2.1
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GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
France
CM.2.1
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
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R
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ORF1ab
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GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
France
XBB.1.43
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
14186
14167
R
-18348.8
France
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ORF1ab
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GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
France
HU.1
ORF1ab
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R
-18348.8
France
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ORF1ab
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F
-18581.4
France
JB.2
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R
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ORF1ab
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19
42.11
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F
-18581.4
France
XBB.1.5.55
ORF1ab
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40
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R
-18348.8
France
HH.8.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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14098
F
-18581.4
France
HH.8.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
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14167
R
-18348.8
France
FL.19
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
France
FL.19
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
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14167
R
-18348.8
France
FM.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
France
FM.2
ORF1ab
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20
40
14186
14167
R
-18348.8
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19
42.11
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F
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France
FK.1.2
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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R
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ORF1ab
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GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
France
XBB.2.7.1
ORF1ab
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40
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XBB.8.1
ORF1ab
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19
42.11
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F
-18581.4
France
XBB.8.1
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
14186
14167
R
-18348.8
France
EU.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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14098
F
-18581.4
France
EU.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
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14167
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France
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
XBB.1.14
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
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14167
R
-18348.8
France
XBB.1.21
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
XBB.1.21
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FK.1.2
N
SC2
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23
43.48
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US
FK.1.2
N
SC2
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US
XBB.2.7.1
N
SC2
CTGCAGATTTGGATGATTTCTCC
23
43.48
29463
29485
F
-23117.2
US
XBB.2.7.1
N
SC2
CCTTGTGTGGTCTGCATGAGTTTAG
25
48
29554
29530
R
-26482.3
US
XBB.8.1
N
SC2
CTGCAGATTTGGATGATTTCTCC
23
43.48
29463
29485
F
-23117.2
US
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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