Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.258.17
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
BA.1.21.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
BA.1.21.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
BA.5.1.37
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
BA.5.1.37
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
HU.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
HU.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
EG.1.4.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
EG.1.4.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
KJ.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
KJ.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
JC.6
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
JC.6
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.625
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.625
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
HD.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
France
HD.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
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R
-18348.8
France
GY.4
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GGTAACTGGTATGATTTCG
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42.11
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F
-18581.4
France
GY.4
ORF1ab
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40
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R
-18348.8
France
HH.6
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
HH.6
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
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R
-18348.8
France
KN.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
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42.11
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F
-18581.4
France
KN.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
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14167
R
-18348.8
France
AY.43.1 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
AY.43.1 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
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R
-18348.8
France
B.1.1.332
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
B.1.1.332
ORF1ab
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20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
JB.2.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
JB.2.1
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
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R
-18348.8
France
BA.2.86.7
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
BA.2.86.7
ORF1ab
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40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.12
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.12
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
JW.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
JW.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
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20
40
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14167
R
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XBB.2.3.18
ORF1ab
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19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
XBB.2.3.18
ORF1ab
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20
40
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14167
R
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France
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ORF1ab
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19
42.11
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F
-18581.4
France
XBC.1.6.5
ORF1ab
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20
40
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14167
R
-18348.8
France
FL.39
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GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
France
FL.39
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
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ORF1ab
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GGTAACTGGTATGATTTCG
19
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-18581.4
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AH.2
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40
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ORF1ab
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42.11
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F
-18581.4
France
B.1.1.280
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B.1.597
ORF1ab
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GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
B.1.597
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
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14167
R
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B.1.177.45
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
B.1.177.45
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.177.72
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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