Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BA.2.12.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
LQ.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
LQ.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
LY.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
LY.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
MD.3.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
MD.3.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
MK.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
MK.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
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14167
R
-18348.8
France
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
LZ.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
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-18348.8
France
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ORF1ab
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GGTAACTGGTATGATTTCG
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42.11
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F
-18581.4
France
MB.1.1
ORF1ab
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20
40
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R
-18348.8
France
KP.3.2.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
KP.3.2.4
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
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14167
R
-18348.8
France
JN.1.50
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
JN.1.50
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
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R
-18348.8
France
KP.2.14
ORF1ab
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GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
France
KP.2.14
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
unclassifiable
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
unclassifiable
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
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ORF1ab
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19
42.11
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F
-18581.4
France
KS.1.1
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
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40
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R
-18348.8
France
FL.1.2
ORF1ab
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19
42.11
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F
-18581.4
France
FL.1.2
ORF1ab
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40
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R
-18348.8
France
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
France
FY.1
ORF1ab
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CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
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R
-18348.8
France
HH.2.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
HH.2.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
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R
-18348.8
France
XCE
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
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19
42.11
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-18581.4
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XCE
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ORF1ab
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F
-18581.4
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HN.4.1
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GU.1
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19
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F
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GQ.1
ORF1ab
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ORF1ab
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JA.1
ORF1ab
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Pasteur-ORF1ab-2
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19
42.11
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F
-18581.4
France
EG.5.1.10
ORF1ab
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40
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R
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France
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
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42.11
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F
-18581.4
France
FL.2.7.1
ORF1ab
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40
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14167
R
-18348.8
France
EG.9.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
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F
-18581.4
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EG.9.1
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R
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France
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
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19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
XBB.2.3.22
ORF1ab
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20
40
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R
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France
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
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19
42.11
14080
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F
-18581.4
France
EF.1.1.1
ORF1ab
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40
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14167
R
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France
BQ.1.32
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
GGTAACTGGTATGATTTCG
19
42.11
14080
14098
F
-18581.4
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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