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| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| B.1.1.459 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| JB.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| JB.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| A.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| A.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XDK.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| XDK.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| BA.2.58 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.2.58 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| BA.4.1.6 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.4.1.6 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| BA.2.3.6 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| BA.2.3.6 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.1.117 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.1.117 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.381 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.381 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.237 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.237 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.1.382 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.1.382 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.395 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.395 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.1.37 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.1.37 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.61 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.61 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.40 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.40 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.153 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.153 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.33 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.33 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.1.10 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.1.10 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.1.62 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.1.62 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.391 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.391 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| B.1.1.448 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| B.1.1.448 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| C.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| C.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| Q.1 (Alpha) | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| Q.1 (Alpha) | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| AY.46 (Delta) | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| AY.46 (Delta) | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| AY.99 (Delta) | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| AY.99 (Delta) | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| AY.120.2 (Delta) | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | GGTAACTGGTATGATTTCG | 19 | 42.11 | 14080 | 14098 | F | -18581.4 | France |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |