Browse

Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
HN.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
HK.13	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
HK.13	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
GK.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
GK.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
FL.24.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-2648.21	Japan
FL.24.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
GK.1.8.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-2648.21	Japan
GK.1.8.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
GE.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-19083.8	Japan
GE.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
LY.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
LY.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
XDQ.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
XDQ.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.18	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.18	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
GJ.1.2.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-14094.8	Japan
GJ.1.2.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
HK.3.2.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-3925.34	Japan
HK.3.2.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
HK.2.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
HK.2.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.16	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.16	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
LN.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
LN.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.25.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.25.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.16.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.16.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.57.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.57.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.44.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.44.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
XDP.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
XDP.3	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
KR.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
KR.5	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
KZ.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
KZ.1.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
KS.1.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
KS.1.2	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
BA.1.19	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
BA.1.19	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
HN.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-2648.21	Japan
HN.1	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.47	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
JN.1.47	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	GACATAGCGAGTGTATGCC	19	52.63	823	805	R	-20165.2	Japan
JN.1.23	ORF1ab	NIID WH-1 Seq F519R840	ACCTCATGGTCATGTTATGG	20	45	502	521	F	-20812.9	Japan
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used