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| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| FL.1.5 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| HK.11.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HK.11.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| GK.1.2.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| GK.1.2.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| HK.3.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HK.3.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| GL.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| GL.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| CM.8.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| CM.8.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| GS.4.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| GS.4.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| JF.4 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| JF.4 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| EG.5.1.13 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| EG.5.1.13 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| JG.3.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| JG.3.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBB.1.16.28 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB.1.16.28 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBB | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBB | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| JN.1.53 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| JN.1.53 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| JN.1.60 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| JN.1.60 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| JN.1.6.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| JN.1.6.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.1.28 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| B.1.1.28 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| P.7 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| P.7 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| P.2 (Zeta) | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| P.2 (Zeta) | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| JN.1.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| JN.1.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| HK.26 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HK.26 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| HK.3.14 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HK.3.14 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| XBC.1.6.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| XBC.1.6.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| GW.5.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| GW.5.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| KC.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| KC.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| HK.3.10 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| HK.3.10 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| FY.5.5.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | CGCATACAGTCTTRCAGGCT | 20 | 50 | 16220 | 16239 | F | -11502.5 | China |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |