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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
B.1.422	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.422	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.6	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.6	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.56	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.56	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.4.7	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.4.7	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.1.198	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.1.198	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.1.366	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.1.366	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
DJ.1.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
DJ.1.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
XBC.1.5	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XBC.1.5	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
CM.6	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
CM.6	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
BW.1.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
BW.1.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
BF.10.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
BF.10.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
FW.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
FW.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.441	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.441	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.416	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.416	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.1.63	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.1.63	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.1.263	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.1.263	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.1.135	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.1.135	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
FK.1.4.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
FK.1.4.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.13	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.13	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
DR.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
DR.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.160.15	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.160.15	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.219	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.219	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-3270.88	China
N.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
N.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-20306.2	China
B.1.208	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
B.1.208	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-3270.88	China
AY.125.1 (Delta)	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
AY.125.1 (Delta)	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	ACGATTGTGCATCAGCTGA	19	47.37	13460	13442	R	-3270.88	China
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used