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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
CH.1.1.25	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
CH.1.1.25	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
CH.1.1.25	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
CH.1.1.25	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
CH.1.1.25	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
CH.1.1.25	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
CH.1.1.25	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
DB.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
DB.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
DB.2	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
DB.2	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
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DB.2	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
CH.1.1.16	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
CH.1.1.16	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
CH.1.1.16	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-14013	China
CH.1.1.16	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
CH.1.1.16	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
CH.1.1.16	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
CH.1.1.16	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
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CZ.2	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
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BA.5.1.18	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
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BA.5.1.18	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
BA.5.1.18	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
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BA.4.1.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
BA.4.1.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
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BA.4.1.2	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
BA.4.1.2	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
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BA.4.1.2	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
BA.2.47	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used