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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
JN.1.18	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.18	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
JN.1.18	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
JN.1.18	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
JN.1.18	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
JN.1.18	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.29	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
JN.1.29	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.29	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
JN.1.29	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
JN.1.29	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
JN.1.29	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
JN.1.29	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1.7.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
JN.1.7.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
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JN.1.7.2	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
JN.1.7.2	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
JN.1.7.2	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
KV.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
KV.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
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XBB.1.16.15	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
XBB.1.16.15	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-17292.3	China
XBB.1.16.15	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
XBB.1.16.15	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
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XBB.1.16.15	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
JN.1.39	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
JN.1.39	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.1.39	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
JN.1.39	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
JN.1.39	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
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JN.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
JN.2	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
JN.2	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
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JN.2	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-22762.7	Japan
JN.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
JN.1	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used