Browse

Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
AS.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
AS.2	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AS.2	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
AS.2	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
AS.2	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
AS.2	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
AS.2	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-20641.5	Japan
B.1.1.115	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.1.115	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.115	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.1.115	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.1.115	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.1.115	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.1.115	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
AY.127.1 (Delta)	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
AY.127.1 (Delta)	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AY.127.1 (Delta)	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
AY.127.1 (Delta)	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
AY.127.1 (Delta)	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
AY.127.1 (Delta)	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
AY.127.1 (Delta)	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.88	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.1.88	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.88	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.1.88	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.1.88	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.1.88	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.1.168	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.1.168	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.1.168	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.1.168	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.1.168	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.36.39	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.36.39	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.36.39	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.36.39	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.36.39	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.36.39	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.36.39	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.57	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.57	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.57	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-2892.01	China
B.57	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.57	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.57	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.57	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
AH.3	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
AH.3	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
AH.3	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-2892.01	China
AH.3	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used