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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
B.1.1.61	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.61	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.1.61	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.1.61	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.1.61	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.1.61	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.264	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.264	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.264	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.264	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.264	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.264	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.264	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.581	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.581	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.581	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.581	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.581	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.581	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.581	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.330	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.330	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.330	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.330	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.330	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.330	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.330	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.205	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.1.205	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.205	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.1.205	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.1.205	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.1.205	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.1.205	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.177	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.1.177	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.177	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.1.177	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.1.177	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.1.177	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.1.177	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.301	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.301	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.301	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.301	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.301	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
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B.1.301	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.308	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.308	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used