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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
B.1.1.148	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.1.148	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.1.148	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.1.148	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.1.148	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.382	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.382	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.382	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.382	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.382	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.382	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.382	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.356	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.1.356	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.356	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.1.356	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.1.356	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.1.356	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.1.356	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.376	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.1.376	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.376	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.1.376	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.1.376	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.1.376	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.1.376	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.607	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.607	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.607	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.607	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.607	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.607	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.607	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-20475.1	Japan
B.1.163	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.163	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.163	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.163	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.163	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.163	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.163	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.337	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.337	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.337	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
B.1.337	S	Young-S	ATCCAGCCTCTTATTATGTTAGAC	24	37.5	21876	21853	R	-22070.7	Singapore
B.1.337	E	Huang-E	ACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGT	24	37.5	26295	26318	F	-25022.8	China
B.1.337	N	US-CDC-N-1	TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG	24	45.83	28358	28335	R	-25148.4	US
B.1.337	S	WuhanCoV-spk1	TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT	24	33.33	24354	24377	F	-23366.4	Japan
B.1.1.158	ORF1ab	Young-ORF1ab	TCATTGTTAATGCCTATATTAACC	24	29.17	14155	14178	F	-20695.4	Singapore
B.1.1.158	ORF1ab	Young-ORF1ab	CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG	24	33.33	14243	14220	R	-22408	Singapore
B.1.1.158	ORF1ab	Chan-ORF1ab	GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC	24	41.67	16353	16330	R	-13317.5	China
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used