Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
Menu
Home
WHO Primers
New Primers
Simple Primers
LAMP Primers
Browse
NCBI
GISAID
Search
NCBI
GISAID
Genome Scan
Mutants
Substitution
Deletion
Tutorial
Contact
Browse
Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.492
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.540
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.487
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AE.7
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
N.6
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.36
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.407
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.20
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.423
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.281
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AE.6
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.230
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.535
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
A.7
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
A.24
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.564.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-11447
Japan
B.1.1.345
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.53
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
B.1.1.450
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.334
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
B.1.589
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.335
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.169
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.43
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.42
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AE.4
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.442
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.75
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.51
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.106
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
D.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.593
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.438.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.290
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.341
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.161
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AY.69 (Delta)
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.46
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.139
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.508
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.94
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.463
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.357
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.318
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.557
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.119
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.160
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
D.4
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.447
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.110.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
Page 5121 of 5293
Go to page:
Prev
1
442
883
1324
1765
2206
2647
3088
3529
3970
4411
4852
5293
Next