Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
Menu
Home
WHO Primers
New Primers
Simple Primers
LAMP Primers
Browse
NCBI
GISAID
Search
NCBI
GISAID
Genome Scan
Mutants
Substitution
Deletion
Tutorial
Contact
Browse
Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
BQ.1.1.50
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BA.5.1.36
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
XBB.1.23
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
XBB.1.38.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
N/A
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AY.42.1 (Delta)
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.348
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.428.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AJ.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.459
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.160.29
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-15722.9
Japan
B.1.415.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.243.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.98
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.566
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.480
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.579
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
N.10
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
P.1.11 (Gamma)
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.435
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.445
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.124
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.384
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
XAQ
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BA.2.3.8
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.569
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.524
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-2648.21
Japan
A.23
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.596.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.473
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.595.2
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BA.2.76.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BA.2.38.4
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
BA.2.38.3
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.411
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.109
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.361
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.177.38
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
A.12
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.417
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AM.1
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.258.20
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.36.37
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.319
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.182
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.430
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.1.331
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.19
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
AY.112.3 (Delta)
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
B.1.37
ORF1ab
NIID WH-1 Seq F519R840
ACCTCATGGTCATGTTATGG
20
45
502
521
F
-20812.9
Japan
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
Page 5118 of 5293
Go to page:
Prev
1
442
883
1324
1765
2206
2647
3088
3529
3970
4411
4852
5293
Next