Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
FW.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
JS.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
GK.2.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
HG.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
GE.1.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
XCQ
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
GS.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
EG.11
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-15630.5
France
JC.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
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GK.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
XBB.1.41.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
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ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
GJ.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
JG.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-15630.5
France
JM.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
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ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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-18837.8
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GS.3
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-15630.5
France
XCF
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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-18837.8
France
CH.1.1.32
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
France
XBB.1.5.109
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
FR.1.5
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-18837.8
France
JN.10
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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R
-15630.5
France
HK.12
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-15630.5
France
HK.33
ORF1ab
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18
44.44
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12780
R
-15630.5
France
GK.5.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
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-18837.8
France
XCZ
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-15630.5
France
FL.40
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-15630.5
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HE.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
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R
-18837.8
France
XBB.1.33
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-18837.8
France
FY.4.1.1
ORF1ab
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18
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12797
12780
R
-18837.8
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ORF1ab
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18
44.44
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-18837.8
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HW.1
ORF1ab
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18
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-18837.8
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XBB.1.4.2
ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
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ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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HA.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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-18837.8
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GM.3.1
ORF1ab
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18
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ORF1ab
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18
44.44
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R
-18837.8
France
JD.1.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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GJ.2
ORF1ab
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18
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ORF1ab
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JH.1
ORF1ab
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18
44.44
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ORF1ab
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18
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ORF1ab
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44.44
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-18837.8
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ORF1ab
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JK.1
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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-18837.8
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XBB.1.5.106
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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12780
R
-18837.8
France
XBB.1.5.11
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
FE.1.1.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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