| Browse |
| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MF.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| LF.2 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| KR.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| JN.1.7.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| KP.2.3.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| KR.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| JN.1.49 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| MF.2 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| KP.4.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| JN.1.26 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| JN.1.37 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| JQ.2.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| JN.1.23.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| DY.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| KP.2.4 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| LJ.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| LE.1.2 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| MD.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| EG.5.1.16 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -17292.3 | China |
| LE.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| XDQ | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.502 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.1.285 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.582 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.580 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.306 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.280 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.1.329 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.396 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.595.3 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.2 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.311 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.369 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.367 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.595 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.240 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| DL.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| BA.5.1.15 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| B.1.1.529 (Omicron) | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| BF.41.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| BF.39 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| BA.2.3.20 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| AY.33 (Delta) | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| BE.10 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| BA.1.15 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| BA.1.14.2 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| BA.1.14.1 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| BA.1 (Omicron) | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| BA.1.17.2 | ORF1ab | Chan-ORF1ab | GTGTGATGTTGAWATGACATGGTC | 24 | 41.67 | 16353 | 16330 | R | -13317.5 | China |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |