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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage
(WHO label)
  
Target Gene
  
Primer Name
  
Primer Sequence
  
Primer Length
  
Primer GC Content (%)
  
Start Position
  
End Position
  
Primer Direction
  
ΔG (cal)
  
Primer first used
  
XAYORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
DJ.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XAEORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.467ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.484ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.476ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
A.19ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
A.18ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
B.1.1.404ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
CV.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
DJ.1.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BQ.1.1.73ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
DW.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BR.5.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.75.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XAKORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XAAORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BQ.1.30ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BQ.1.1.50ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.5.1.36ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.1.23ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XBB.1.38.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
N/AORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XDCORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
FL.15.4ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JR.1.1.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-301.668South Korea
JD.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JG.3.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
KE.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HV.1.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
BA.2.86.5ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HK.8ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HK.26.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XCPORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
FL.1.8ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
EG.6.1.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
EG.5.1.12ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JF.1.1.2ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HK.11ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JN.3.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
XDEORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
KE.3ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HF.1.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
HK.22ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
FW.1.1.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JN.13ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
KH.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
LM.1ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JN.1.17ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
JN.15ORF1abWon-ORF1abTGCATTAACATTGGCCGTGA20451555815539R-21175.8South Korea
Lineage
(WHO label)
  
Target Gene
  
Primer Name
  
Primer Sequence
  
Primer Length
  
Primer GC Content (%)
  
Start Position
  
End Position
  
Primer Direction
  
ΔG (cal)
  
Primer first used