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| Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants. |
| Lineage (WHO label)   | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MM.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| JN.1.48.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| KP.4.2.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| KP.3.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| MC.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| LB.1.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| LP.1.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| JN.1.50.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| MH.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| LB.1.3.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| LB.1.3.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| KP.3.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| LB.1.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| KP.2.6 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| MA.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| KP.3.1.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| LB.1.8 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XBB.1.5.81 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| CH.1.1.20 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XBL.3.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XBB.2.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XBB.1.28.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| GA.6.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -15159.2 | France |
| XBB.1.5.61 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XBB.1.16.14 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| EG.5.1.5 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| FL.28 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| FL.20.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XBB.1.5.110 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| BA.2.86.3 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| GN.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -802.098 | France |
| XBB.8.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| HB.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| EG.10.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XBB.1.5.89 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| HR.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| HP.1.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| GW.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -802.098 | France |
| GS.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XCF.3 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| FL.34 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| HY.1 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -802.098 | France |
| JC.5 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XBB.1.5.105 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XBB.1.9.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| GJ.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -15159.2 | France |
| GK.1.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| FY.4.2 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| XBB.1.5.103 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -18348.8 | France |
| HC.4 | ORF1ab | Pasteur-ORF1ab-2 | CTGGTCAAGGTTAATATAGG | 20 | 40 | 14186 | 14167 | R | -802.098 | France |
| Lineage (WHO label) | Target Gene | Primer Name | Primer Sequence | Primer Length | Primer GC Content (%) | Start Position | End Position | Primer Direction | ΔG (cal) | Primer first used |