Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.177.42
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.428
ORF1ab
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18
44.44
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12780
R
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France
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ORF1ab
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18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
AY.63 (Delta)
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.1.377
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.258.15
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
44.44
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-18837.8
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ORF1ab
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18
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-18837.8
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C.30.1
ORF1ab
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18
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18
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ORF1ab
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18
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18
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AY.20.1 (Delta)
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18
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-18837.8
France
XV
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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18
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18
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BA.2.80
ORF1ab
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AY.134
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18
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-18837.8
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
BY.1.2.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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R
-17498
France
BM.1.1.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
BM.2.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
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-18837.8
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CW.1
ORF1ab
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CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
BA.5.2.42
ORF1ab
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18
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-18837.8
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18
44.44
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18
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ORF1ab
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18
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R
-18837.8
France
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
B.1.258.14
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
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ORF1ab
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18
44.44
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12780
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
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B.1.562
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
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R
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ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
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-18837.8
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N.8
ORF1ab
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XA
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ORF1ab
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ORF1ab
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B.1.199
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B.1.1.112
ORF1ab
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44.44
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B.1.552
ORF1ab
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18
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C.5
ORF1ab
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18
44.44
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-18837.8
France
AF.1
ORF1ab
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18
44.44
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12780
R
-18837.8
France
B.1.177.89
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
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18
44.44
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M.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-1
CTCCCTTTGTTGTGTTGT
18
44.44
12797
12780
R
-18837.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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