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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
JN.1.30	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
XDA.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JN.1.58.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XBB.1.5.33	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JN.13.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
GK.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
XDC	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
FL.15.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JR.1.1.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
JD.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JG.3.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
KE.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
HV.1.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
BA.2.86.5	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
HK.8	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-2551.95	China
HK.26.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XCP	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
FL.1.8	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
EG.6.1.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
EG.5.1.12	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
JF.1.1.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
HK.11	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JN.3.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
XDE	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-5030.74	China
KE.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
HF.1.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
HK.22	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
FW.1.1.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JN.13	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
KH.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
LM.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
JN.1.17	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JN.15	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JN.1.1.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
JN.1.63.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JN.1.27	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
FL.33.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
EG.4.5	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
JJ.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
HK.5	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
GK.3.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
HN.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
GJ.1.2.7	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
HK.3.9	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
EG.6.1.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
FD.5.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
DV.7.1.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-2551.95	China
DV.7.1.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
XCL	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
XCH.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used