Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
LF.3.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
JN.1.18.6
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
KP.4.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
JN.1.26
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
JN.1.37
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
JQ.2.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
JN.1.23.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
DY.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
KP.2.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
LJ.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
LE.1.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
MD.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
EG.5.1.16
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
LE.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
XDQ
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.502
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.285
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.582
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.580
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.306
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.280
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.1.329
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.396
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.595.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-802.098
France
B.1.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-802.098
France
B.1.311
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.369
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.367
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.595
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
B.1.240
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FR.1.2
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FL.2.2.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FL.25
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-802.098
France
FL.33
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FL.29
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
EG.13
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
GP.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
HL.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
XCD
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
XBB.1.44.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
EG.2.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FL.37
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
XBB.1.45.1
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FP.4
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
XBB.1.5.102
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FK.1.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
GN.5
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FL.31
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
FL.13.3
ORF1ab
Pasteur-ORF1ab-2
CTGGTCAAGGTTAATATAGG
20
40
14186
14167
R
-18348.8
France
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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