Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.160.23
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.416
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.239
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.375
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.432
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.241
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.298
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
29.17
14155
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F
-20695.4
Singapore
B.1.433
ORF1ab
Young-ORF1ab
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Singapore
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ORF1ab
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24
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F
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F
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
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F
-20695.4
Singapore
B.1.596
ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
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Singapore
W.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
-20695.4
Singapore
B.1.478
ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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F
-20695.4
Singapore
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F
-20695.4
Singapore
C.31
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
B.1.362
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
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F
-20695.4
Singapore
B.1.585
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.1.351
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
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F
-20695.4
Singapore
B.1.36.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.36.8
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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14155
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
-20695.4
Singapore
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ORF1ab
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24
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F
-20695.4
Singapore
AY.43.2 (Delta)
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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F
-20695.4
Singapore
B.1.1.5
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
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-20695.4
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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Singapore
AY.50 (Delta)
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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F
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B.1.1.266
ORF1ab
Young-ORF1ab
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Singapore
B.1.1.253
ORF1ab
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24
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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Singapore
AA.6
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
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Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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ORF1ab
Young-ORF1ab
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Singapore
B.1.1.326
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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Singapore
B.1.1.255
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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Singapore
B.1.1.303
ORF1ab
Young-ORF1ab
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24
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14155
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F
-20695.4
Singapore
AA.7
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
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F
-20695.4
Singapore
B.1.173
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.362.2
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.177.48
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
B.1.36.9
ORF1ab
Young-ORF1ab
TCATTGTTAATGCCTATATTAACC
24
29.17
14155
14178
F
-20695.4
Singapore
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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