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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.

Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used
EG.4.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
JZ.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
HS.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
XBB.1.5.73	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XBB.1.16.14	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
EG.5.1.5	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
FL.28	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
FL.20.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-2551.95	China
XBB.1.5.110	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
BA.2.86.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
GN.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
XBB.8.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
HB.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
EG.10.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XBB.1.5.89	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
HR.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
HP.1.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
GW.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
GS.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XCF.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
FL.34	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
HY.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
JC.5	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XBB.1.5.105	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XBB.1.9.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
GJ.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
GK.1.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
FY.4.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
XBB.1.5.103	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
HC.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
FE.1.1.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XBB.1.5.94	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
GK.7	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
FL.15.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
GJ.5.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
FL.21	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
FW.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JS.2	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
GK.2.1.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
HG.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
GE.1.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
XCQ	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
GS.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
EG.11	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JC.3	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
GK.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XBB.1.41.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
XBB.1.5.70	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
GJ.1	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-20516.2	China
JG.4	ORF1ab	CN-CDC-ORF1ab	CCCTGTGGGTTTTACACTTAA	21	42.86	13342	13362	F	-1313	China
Lineage (WHO label)	Target Gene	Primer Name	Primer Sequence	Primer Length	Primer GC Content (%)	Start Position	End Position	Primer Direction	ΔG (cal)	Primer first used