Enabled by data from
assayM COVID-19: track sensitivity of RT-PCR primers on COVID-19 Variants
#last Updated:
Sunday, 15 September 2024 05:10:01 GMT+3 (Arabian Standard Time)
, based on 3892 variants (from 8.94 million sequences) and 34 primer sets.
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Prediction results retrieved after performance evaluation of WHO approved 34 primers to estimate their binding affinities for 3892 SARS-CoV-2 variants.
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
B.1.446
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
AY.76 (Delta)
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.1.398
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.1.163
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
P.3 (Theta)
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
BA.2.38.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
XAV
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
BE.1.4.4
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
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14220
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-22408
Singapore
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ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
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R
-22408
Singapore
BM.4.1
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
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14220
R
-22408
Singapore
BF.20
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
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R
-22408
Singapore
BA.2.77
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
CP.1.3
ORF1ab
Young-ORF1ab
CACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAG
24
33.33
14243
14220
R
-22408
Singapore
B.1.1.99
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GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
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ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-17266.7
Germany
B.1.343
ORF1ab
Charité-ORF1b
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15452
F
-20262.1
Germany
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ORF1ab
Charité-ORF1b
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-17266.7
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Charité-ORF1b
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F
-17266.7
Germany
B.1.1.409
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
Germany
B.1.1.83
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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-20262.1
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B.1.1.310
ORF1ab
Charité-ORF1b
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22
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F
-20262.1
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B.1.362.1
ORF1ab
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15452
F
-20262.1
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B.1.1.162
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-20262.1
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Y.1
ORF1ab
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ORF1ab
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ORF1ab
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ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
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A.2.4
ORF1ab
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F
-20262.1
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ORF1ab
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ORF1ab
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ORF1ab
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22
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15452
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-20262.1
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Charité-ORF1b
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22
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15452
F
-17266.7
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B.1.1.398
ORF1ab
Charité-ORF1b
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15452
F
-20262.1
Germany
B.1.1.163
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Charité-ORF1b
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15452
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P.3 (Theta)
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15431
15452
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Charité-ORF1b
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-20262.1
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XAV
ORF1ab
Charité-ORF1b
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F
-20262.1
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BE.1.4.4
ORF1ab
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22
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-20262.1
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XBC.1.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
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ORF1ab
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ORF1ab
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22
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BA.2.77
ORF1ab
Charité-ORF1b
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15431
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F
-20262.1
Germany
CP.1.3
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
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FC.1
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BY.1.2
ORF1ab
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BF.7.17
ORF1ab
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22
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-20262.1
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AY.123 (Delta)
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15452
F
-17266.7
Germany
BQ.1.27
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
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-20262.1
Germany
BQ.1.1.71
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
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15431
15452
F
-20262.1
Germany
BA.2.12.2
ORF1ab
Charité-ORF1b
GTGARATGGTCATGTGTGGCGG
22
54.55
15431
15452
F
-20262.1
Germany
Lineage
(WHO label)
Target Gene
Primer Name
Primer Sequence
Primer Length
Primer GC Content (%)
Start Position
End Position
Primer Direction
ΔG (cal)
Primer first used
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